儿童心肌炎的治疗第一部分是针对病因的治疗，大多引起心肌炎的病原菌是病毒感染，可以口服抗病毒药物，常用的有利巴韦林颗粒，或者抗病毒口服液。
如果是细菌感染所引起，则需口服头孢或者青霉素类的抗生素
如果有支原体感染所引起时，则需口服大环内酯类抗生素，常用的有阿奇霉素或者红霉素等。
第二部分治疗是以营养心肌、改善心肌代谢为主的治疗，常用维生素C、辅酶Q10、果糖等，这些都有很好的营养心肌作用。
而在心肌炎治疗时也可以口服辅助口服中药，比如黄芪口服液等，都有着很好的扶正固本、益气养阴的作用。
心肌炎的儿童一经确诊一定要注意休息，最好是卧床休息，可以口服低热量、高蛋白的食物有利于心肌炎的恢复。